Il porto di Brindisi dispone di 21 banchine commerciali, per uno sviluppo lineare di oltre 3.700 metri.

Il Porto Esterno viene utilizzato principalmente per lo sbarco di prodotti industriali, in gran parte destinati agli stabilimenti del polo industriale chimico. Esso presenta, pertanto, strutture destinate al carico e scarico di questo genere di materiale.

Nel Seno di Levante del Porto Interno sono attive 11 banchine, 8 delle quali destinate al traffico traghetti, con potenzialita' di ormeggio contemporaneo per 8 navi.

Lungo la banchina Punto Franco sorgono silos destinati a granaglie asciutte, con capacita' recettiva di 27.000 tonnellate, e le relative attrezzature specializzate per l'imbarco dei prodotti.

Le banchine di Costa Morena dispongono di 300.000 metri quadri di piazzali. Lungo la diga di Costa Morena si sviluppa il sistema per lo sbarco dei prodotti di alimentazione delle centrali elettriche di Brindisi. Infine, la parte occidentale di Costa Morena ha 270 metri di banchine per il traffico ro-ro, con possibilita' di ormeggio contemporaneo di 5 navi.

L'accesso ai 3 bacini e' possibile 24 ore su 24. A Brindisi sono interdette le attivita' di navigazione, ancoraggio e pesca nella zona del Porto Interno antistante i poligoni di tiro di Punta Contessa e Torre Veneri nei giorni di esercitazione (quando i poligoni sono segnalati con bandiere rosse).

Nel Porto Medio, invece, vige il divieto di ancoraggio a meno di 200 metri nel tratto tra "Caprarella" e l'imboccatura del Canale Pigolati, nonche' nella zona che va dalla testata della diga di Costa Morena al lato sud dell'imboccatura del Canale Pigolati.