Il Porto Esternoe' limitato a sud dalla terraferma, a est dalle isole Pedagne, a ovest dall'isola di Sant'Andrea e dal molo di Costa Morena e a nord dalla diga di Punta Riso. L'accesso e' tra la diga di Punta Riso e l'isolotto Traversa. Nella zona sud ha origine il molo Montedison (840 m) segnalato in testata da un fanale rosso. Non esistono banchine destinate al naviglio da diporto. Per quanto concerne i venti, invece, nel Porto Esterno dominano scirocco e grecale. I venti da greco e greco-levante provocano risacca soltanto alle banchine Centrale e Dogana. Le correnti vanno verso Sud Est lungo la costa e raggiungono velocita' notevoli con forti venti del I e VI quadrante.

Il Porto Medioe' delimitato dalla diga di Costa Morena e da quella di Forte a Mare, a nord dal Seno Bocca di Puglia e ad ovest dal Canale Pigolati. L'accesso e' tra la diga di Forte a Mare e la diga di Costa Morena. Non esistono banchine per il naviglio da diporto. Il Porto Medio ha la stessa esposizione ai venti del Porto Esterno e le correnti sono generalmente deboli, ma aumentano sensibilmente la velocita' in presena di venti dominanti.

Il Porto Interno e' formato da due lunghi bracci che cingono la citta' a Nord (Seno di Ponente) e ad Est (Seno di Levante). L'accesso e' dal Canale Pigolati. Il Porto Interno e' interessato da venti di tramontana e grecale.

I collegamenti ferroviaridel porto di Brindisi si sviluppano in direzione Taranto verso la Campania, la Calabria ed il Salento. Per arrivare a Nord si segue la direttrice Bari-Bologna-Milano. Itinerari molto simili per i collegamenti stradali: si va a Nord con la superstrada per Bari e la A14, con la SS7 sino a Taranto per le regioni ioniche e tirreniche, con la SS 106 (Jonica) verso la Calabria e con la superstrada per Potenza in direzione Salerno e Napoli.